진기 16년 종단에서는 1월 18일 임시 강공을 시작으로 3월 30일과 7월 19~20일, 11월 28일 등 총 4번의 임시 강공을 남산동심인당(현 희락심인당)에서 개최했다(1월 18일). 1월 18일에 열린 강공에서는 회당 대종사가 독송불공법, 공식시간 진행법, 불공 중 마장 막는 법 등을 법문했다. 특히, 포교 방향이 남서가 교화 잘되고 동북의 교화는 잘 안 되는 것을 각 심인당의 실증을 들어 스승들에게 법문했으며, 이것이 서남법의 시초가 된다. 3월 30일에는 종단의 최고 지위의 명칭을 ‘인정’에서 ‘도정’으로 변경하고 회당 대종사를 만장일치로 추대했다. ‘도정’은 심인정도를 바르게 이룬 경지의 의미로서 교의 최고 지위는 그 경지를 이른 자리라는 의미를 지녔다. 또한 이날 매년 인회에서 새해서원강도 날짜를 정해 통지하던 것을 양력 1월 월초불공으로 정했다.

이 시기 다양한 교화방편법을 시범 운영했다. 각 심인당에 제시와 강도희사에 맞춰 상부상조를 할 수 있는 교탁을 설계 제작해 배부했으며(6월 29일), 신교도 상호 간의 상부상조하기 위하여 교도들이 자진해 각출하는 방식으로 ‘상부상조법’을 실시했다(7월 22일). 또 일 주간 정진 기간에 육식을 금하는 ‘금식육법’을 실시하고(9월 3일), 공식 시간 중 수마를 극복하기 위해 ‘요령’을 사용하도록 했으며(10월 20일), 선교·정사·스승·스승후보·스승시용 등의 자격 규정을 제정해 인사 처리를 명확히 했다(10월 20일). 이와함께 새벽지권법을 실시하기도 했다(10월 30일). 종단의 종명도 여러 차례 변경됐다. ‘심인불교’(3월 26일)에서 ‘대한비밀불교진각종’(8월 25일) 그리고 5·16 군사 정부에서 불교재산관리법을 제정해 ‘대한불교진각종보살회인회포교원’으로 문교부에 등록 신청했다(9월 25일). 종단은 나라발전을 위해서 정부에 직·간접으로 협조했다. 진기 16년도엔 민족문화 재건운동으로 경북도청에서 개최한 신라문화재건위원회에 종단과 조계종, 법화종 등이 연합해 경주 불국사 입구에 88척의 석가모니불상 건립 자금 모금 방법을 논의하기도 했다(12월 27일). 아울러, 종립 심인중학교도 변화를 맞았다. 남녀 공학제로 변경하는 내용의 학칙 변경을 문교부로부터 인가를 받았으나(1월 9일), 얼마 지나지 않아 심인중학교 남녀 공학을 폐지하고 학급 증가를 신청해 한 학급이 증가해 5학급이 됐다(12월 30일). 심인중학교 교장에는 박필규 씨가 취임했다(3월 21일). 이밖에 동광직물공장 직매상사를 정리하고(3월 22일), 서울에 있던 팔정인쇄소를 대구시 남산동 금강회 회의실에 설치했다(3월 31일). 또한, 공식불사에서 신교도의 서원을 스승이 기록하여 발표하는 ‘인도기’를 서울심인당(희락심인당)과 남산동심인당에서 시험적으로 실시했으나 특별한 성과가 없어 폐지했다(4월 1일). 또 불교재산관리법에 의해 심인당에 단시정리 보조부 단시출납부 등 각종 장부를 비치하여 희사금의 관리를 철저하게 했다(12월 22일).