부산 금정사의 창건 연기는 알 수 없는 상태이다. 다만 오래전부터 이 자리에 사지가 있었던 것으로 보아 고찰이 있었는데, 어느 시기에 폐사된 것을 새롭게 중창한 것으로 보인다. 현재 전하는 바에 의하면 일제강점기인 1924년 옛 사지에 금정사를 새롭게 창건했다고 한다. 그리고 1969년 대웅전을 건립했다고 한다. 대웅전 내부 천정 우물반자에 육자진언이 새겨져 있다.